O Hospital participa do Programa de Reestruturação e Contratualização dos Hospitais Filantrópicos no SUS, com portarias ministeriais publicadas no Diário Oficial da União.
Uma das principais mudanças trazidas pelo Programa foi a alteração do método de financiamento. Celebração de convênio entre o Município de Uberaba/FMS/SMS e o Hospital Beneficência Portuguesa, visando a prestação de serviços em regime hospitalar, ambulatorial, apoio diagnósticos e terapêuticos; em caráter eletivo e de urgência/emergência; de média complexidade e destinado a usuário maiores de 14 anos.
Tendo como prioridade o atendimento de cuidados prolongados e promover a redução dos vazios assistenciais. O Hospital tem por objetivo a execução de assistência à saúde a pacientes sob Cuidados Prolongados, cuidados clínicos, cuidados cirúrgicos, maternidade e portadores de doenças cronificadas, acamados, podendo apresentar comorbidades orgânicas ou mentais diversas
àquelas que levaram a cronificação que impôs a internação, comorbidades essas que não interferem nas condutas terapêuticas características desses quadros crônicos - em caráter complementar ao Sistema Único de Saúde – SUS. Os leitos de longa permanência de baixa complexidade clínica e alta vulnerabilidade social; leitos de cuidados paliativos e submetidos a Central Municipal de Regulação/SMS/Uberaba.

O conjunto dos serviços prestados está em conformidade com a realidade institucional, de acordo com o Cadastro Nacional de Estabelecimento de Saúde - CNES, demonstrando que a instituição apresenta estrutura tecnológica e capacidade instalada, necessárias para a efetivação de metas fixadas como:

• Atendimento na área ambulatorial;

•  Assistência em regime de internação;

• Serviços de apoio diagnóstico terapêutico;

• Atividades de ensino e pesquisa, com oferta de Programas de Educação Permanente da SMS/Uberaba;

• Aquisição, gestão e logística de suprimentos farmacêuticos e hospitalares; 

• Operação, manutenção e reposição de mobiliários e equipamentos médico-hospitalares;

• Contratação e gestão de profissionais de todas as áreas concernentes à operação do Hospital;